132 research outputs found

    Effect of tibolone on breast cancer cell proliferation in postmenopausal ER+ patients: Results from STEM trial

    Get PDF
    Purpose: Tibolone is a selective tissue estrogenic activity regulator, approved for the treatment of vasomotor symptoms in postmenopausal women. We have done an exploratory, double-blind, randomized, placebo-controlled pilot trial to investigate the tissue-specific effects of 2.5 mg tibolone on breast cancer in postmenopausal women, in particular on tissue proliferation (STEM, Study of Tibolone Effects on Mamma carcinoma tissue). Experimental Design: Postmenopausal women with initially stage I/II, estrogen receptor-positive (ER+) primary breast cancer, were randomly assigned to 14 days of placebo or 2.5 mg/d tibolone. Core biopsies of the primary tumor were obtained before and after treatment. Ki-67 and apoptosis index were analyzed in baseline and corresponding posttreatment specimen. Results: Of 102 enrolled patients, 95 had evaluable data. Baseline characteristics were comparable between both treatment groups. Breast cancer cases are mainly invasive (99%), stage I or II (42% and 50% respectively), and ER+ (99%). Median intratumoral Ki-67 expression at baseline was 13.0%, in the tibolone group and 17.8% in the placebo group, and decreased to 12.0% after 14 days of tibolone while increasing to 19.0% in the placebo group. This change from baseline was not significantly different between tibolone and placebo (Wilcoxon test; P = 0.17). A significant difference was observed between the treatment groups when the median change from baseline apoptosis index was compared between the treatment groups (tibolone, 0.0%; placebo, +0.3%; Wilcoxon test; P = 0.031). The incidence of adverse effects was comparable. Conclusions: In ER+ breast tumors, 2.5 mg/d tibolone given for 14 days has no significant effect on tumor cell proliferation

    Продукция белков L1 и NuMA1 вируса папилломы человека при цервикальной интраэпителиальной неоплазии

    Get PDF
    Relevance. Cervical cancer – one of malignant new growths most often met among women. Intraepithelial changes precede to it; these changes can disappear spontaneously or progress to cancer. For the present moment, there are no markers describing the outcome of cervical intraepithelial neoplasia.The objective was to research the expression L1 HPV and NuMA1 as factors of prognosis HPV-positive cervical intraepithelial neoplasias by high-risk human papillomavirus.Material and methods. The biopsies of 178 women from HPV-positive cervical neoplasias were studied by cytological, histological, immunocytochemical methods and PCR.Results. We verified HPV-HR-positive: mild (42.7 %), moderate (34.27 %), severe (21.91 %) dysplasias, Ca in situ (1.12 %). In 81.13 % of researches, CIN with expression of L1 and NuMA1 had regression of dysplasia, in 13.21 % – persistence of grade squamous intraepithelial lesion, in 5.66 % – progression of dysplasia. In 73.33 % of cases, CIN with expression of NuMA1 had regression, in 26.67 % – persistence of dysplasia. In 45.45 % of researches, CIN with expression of L1 had regression of dysplasia, in 48.48 % – persistence of grade squamous intraepithelial lesion, in 6.06 % – progression of dysplasia. Regression or progression of dysplasia with expression L1 and NuMA1 or one of these proteins for the first time was revealed later 6 months.Conclusion. CIN could come to the end with regression, persistence or progression. At expression of atypical cells L1 and NuMA1, the greatest quantity – 81.13 %, of cases of CIN regression was noted. At expression of atypical cells only NuMA1, CIN came to the end with regression or long persistence. Course of CIN with expression L1 HPV was characterized by the greatest parameters of persistence and progression marked, accordingly, in 48.48 and 6.06 % of cases.Введение. Рак шейки матки – одно из наиболее часто встречающихся среди женщин злокачественных новообразований. Ему предшествуют интраэпителиальные изменения, которые могут исчезать спонтанно или прогрессировать к раку. На настоящий момент нет маркеров, характеризующих исход цервикальных интраэпителиальных неоплазий. Цель исследования – изучение информативности белков L1 и NuMA1 в качестве маркеров прогноза цервикальных интраэпителиальных неоплазий, ассоциированных с вирусом папилломы человека (ВПЧ) высокого канцерогенного риска (ВКР).Материал и методы. Биоптаты шейки матки 178 женщин с цервикальными неоплазиями, ассоциированными с ВПЧ ВКР, исследованы цитологическим, гистологическим, иммуноцитохимическим методами и методом полимеразной цепной реакции.Результаты. Верифицированы ВПЧ ВКР-позитивные слабая (42,7 %), умеренная (34,27 %), тяжелая (21,91 %) формы дисплазии, Ca in situ (1,12 %). В 81,13 % исследований CIN с ядерной экспрессией L1 и NuMA1 отметили регресс дисплазии, в 13,21 % – сохранение степени тяжести поражения плоского эпителия, в 5,66 % – прогрессирование дисплазии. В 73,33 % наблюдений CIN с экспрессией только NuMA1 плоский эпителий восстановил типичное строение, в 26,67 % явления атипии были сохранены. В 45,45 % CIN с экспрессией только L1 отметили регресс клеточных поражений, в 48,48 % – персистенцию, в 6,06 % – прогрессирование неоплазии. Регресс или прогрессирование CIN с экспрессией L1 и NuMA1 или одного из этих белков впервые обнаружены спустя 6 месяцев после выявления клеточных изменений. Заключение. Интраэпителиальные неоплазии шейки матки могут завершаться регрессом, персистенцией или прогрессированием. При экспрессии атипичными клетками L1 и NuMA1 отмечено наибольшее число – 81,13 % – случаев регресса CIN. При экспрессии атипичными клетками только белка NuMA1 CIN завершились регрессом или длительной персистенцией. Течение CIN с экспрессией белка L1 характеризовалось наибольшими показателями персистенции и прогрессирования, отмечаемых, соответственно, в 48,48 и 6,06 % случаев

    Качество жизни пациенток пожилого и старческого возраста с гормонозависимым раком молочной железы при использовании первичной гормонотерапии

    Get PDF
    Introduction. Elderly and senile patients are a special category of patients and standard methods in breast cancer treatment are not suitable due to the frequent presence of serious comorbidities and personal preferences and concerns about treatment options. Аn available treatment option for these patients with hormone-receptor positive breast cancer may be the primary endocrine therapy (PET).The objective was to assess the quality of life of patients treated by PET or surgical treatment with adjuvant endocrine therapy (ET) and identifying the reasons of choosing a conservative treatment strategy.Methods and materials. Our study included 65–89-year-old patients with hormone-receptor positive breast cancer with stages I–II, some of whom received only endocrine therapy (ET) (n=20), and others are prescribed adjuvant ET after surgical treatment (n=20). Quality of life was assessed by analyzing the EORTC QLQ C-30 and QLQ-BR23 questionnaires filled in by patients at different stages of treatment. An analysis of outpatient records was carried out to identify the reasons for choosing a conservative treatment strategy.Results. The choice of conservative treatment strategy was justified by the presence of a serious concomitant pathology in 65 % of cases. Performing breast surgery was associated with a decline in the quality of life in the postoperative period.Conclusions. PET is an alternative treatment option for some of the elderly patients with hormone-receptor positive breast cancer, since it has similar results in overall survival compared to standard complex treatment (surgery + adjuvant ET), but also does not make the quality of life worst during treatment.Введение. Пациентки пожилого и старческого возраста представляют собой особую категорию, для которых зачастую не подходит стандартное лечение рака молочной железы (РМЖ) ввиду наличия серьезной сопутствующей патологии, а также личных предпочтений и опасений относительно вариантов лечения. Для ряда таких пациенток с гормонозависимым РМЖ возможным вариантом лечения может быть первичная гормонотерапия (ПГТ).Цель – оценка качества жизни пациенток при различных видах лечения – ПГТ и стандартном комплексном лечении, а также определение причин выбора консервативного метода лечения.Методы и материалы. В исследование включены пациентки 65–89 лет с гормонозависимым РМЖ I–II стадии, часть из которых получают только гормонотерапию (ГТ) (n=20), а другим назначена адъювантная ГТ после хирургического лечения (n=20). Качество жизни оценивали путем анализа опросников EORTC QLQ C-30 и QLQ-BR23, заполненных пациентками на разных этапах лечения. Для выявления причин выбора консервативной тактики проводили анализ данных амбулаторных карт пациентов.Результаты. В 65 % случаев назначение консервативного лечения было обусловлено наличием серьезной сопутствующей патологии, а проведение хирургического вмешательства на молочной железе ассоциировалось с ухудшением качества жизни в послеоперационном периоде.Заключение. ПГТ является возможным вариантом лечения гормонозависимого РМЖ у пожилых пациенток, так как не только имеет сопоставимые показатели общей выживаемости в сравнении со стандартным комплексным лечением (операция + адъювантная ГТ), но и не ухудшает качество жизни

    Long-term efficacy and safety of CT-P6 versus trastuzumab in patients with HER2-positive early breast cancer: final results from a randomized phase III trial

    Get PDF
    Purpose Equivalent efficacy was demonstrated for the biosimilar CT-P6 and trastuzumab following neoadjuvant therapy for patients with human epidermal growth factor receptor-2 (HER2)-positive early breast cancer. Following adjuvant treatment, efficacy and safety were comparable between treatments. We report updated safety and efficacy data after up to 3 years’ follow-up. Methods Following neoadjuvant chemotherapy with CT-P6/trastuzumab, patients underwent surgery and continued receiving adjuvant CT-P6/trastuzumab. The primary endpoint (previously reported) was pathological complete response. Time-to-event analyses (disease-free survival [DFS], progression-free survival [PFS], and overall survival [OS]), study drug-related and cardiac adverse events, and immunogenicity were assessed during post-treatment follow-up. Results Most patients entered the follow-up period (CT-P6: 259 [95.6%]; trastuzumab: 269 [96.8%]). After a median follow-up of 38.7 (CT-P6) and 39.6 (trastuzumab) months, medians were not reached for time-to-event parameters; estimated hazard ratios (HRs) and 3-year survival rates were similar between groups. Estimated HRs (95% confidence intervals) for CT-P6 versus trastuzumab were 1.23 (0.78–1.93) for DFS, 1.31 (0.86–2.01) for PFS, and 1.10 (0.57–2.13) for OS (intention-to-treat population). Safety findings were comparable between groups for the overall study and follow-up period, including study drug-related cardiac disorders (CT-P6: 22 [8.1%] patients; trastuzumab: 24 [8.6%] patients [overall]) and decreases in left ventricular ejection fraction. Immunogenicity was similar between groups. Conclusion The similarity of the time-to-event analyses between CT-P6 and trastuzumab supports the equivalence in terms of efficacy established for the primary endpoint. CT-P6 was well tolerated, with comparable safety and immunogenicity to trastuzumab. ClinicalTrials.gov: NCT02162667 (registered June 13, 2014

    КОМБИНАЦИЯ ГЕМЦИТАБИНА (ЦИТОГЕМ®) И ЦИСПЛАТИНА В 1-Й ЛИНИИ ТЕРАПИИ РАСПРОСТРАНЕННОГО РАКА МОЧЕВОГО ПУЗЫРЯ: РЕЗУЛЬТАТЫ ПРОСПЕКТИВНОГО ОТКРЫТОГО НЕСРАВНИТЕЛЬНОГО НЕРАНДОМИЗИРОВАННОГО ИССЛЕДОВАНИЯ

    Get PDF
    Purpose.  The primary end-points of the study were overall response rate, progressive-free and overall survival in patients received Gemcytabin (Cytogem®) and Cisplatin as first-line therapy for transitional-cell bladder cancer. Secondary end-points were toxicity and safty of the regimen. Material. From February 2005 to March 2007 25 patients with morphologically verified inoperable locally advanced and metastatic transitional-cell bladder cancer were recruited. Men-to-women ratio was 3:1. Median age of the patients was 66,5±6,8 years. All the patients received Cytogem® 1000 mg/m2 days 1, 8, 15, cisplatin 70 mg/m2 on day 2; every 28 days. No more than 6 cycles were allowed if the evidence of disease progression and unacceptable toxicity were not registered. Median follow-up was 36,2±12,1 months.  Results. Complete response was observed in 2 (8%), partial — in 11 (44%), stabilization — in 10 (40%), progression — in 2 (8%) of 25 patients. Twelve- and 24-month overall survival was — 51,3% and 22,4% (median 13,4±3,5 (95% CI: 6,6—20,4) months), progressive- free survival — 26% and 13% respectively (median 8,8±1 (95% CI: 6,6—10,6) months). Toxicity was evaluated in 24 patients and occurred in all cases (grade I—II — 16 (67%), grade III—IV — 8 (33%)). The main regimen-related toxicity was hematological (neutropenia — 16 (67%) (grade I—II — 8 (33%), grade III—IV — 8 (33%)), thrombocytopenia — 14 (58%) (grade I—II — 10 (41,5%), grade III—IV — 4 (16,5%)), anemia — 7 (29%) (grade I—II — 5 (21%), grade III—IV — 2 (8%))). Hematological toxicity was not associated with com- plications in any case. Non-hematological side-effects were nausea and vomiting in 21 (88%) (grade I—II — 67%, grade III — 21%), alopecia — in 11 (44%) patients. The regimen-related toxicity was considerable and reversible. No side-effect demanded blood transfusion, antibiotic and/or growth factors administration, and hospital admission.  Conclusion. Gemcytabin (Cytogem®) and Cisplatin as first-line therapy for advanced transitional-cell bladder cancer have demonstrated satisfactory efficacy and acceptable toxicity. The regimen can be recommended for the clinical practice.  Цель исследования. Первичной целью исследования являлись оценка частоты ответов на лечение, расчет беспрогрессивной и общей выживаемости больных распространенным переходно-клеточным раком мочевого пузыря (РМП), получавших Цитогем® и цисплатин в 1-й линии терапии. Вторичной целью было изучение безопасности и токсичности данной комбинации.  Материалы и методы. С февраля 2005 г. по март 2007 г. в исследование включены 25 больных неоперабельным местно-распространенным и диссеминированным морфологически верифицированным переходно-клеточным РМП. Соотношение мужчин и женщин 3:1. Медиана возраста 66,5±6,8 года. Все пациенты получали химиотерапию (ХТ) в режиме Цитогем® 1000 мг/м2 в 1, 8 и 15-й дни, цисплатин 70 мг/м2 на 2-й день. Интервал между курсами составил 28 дней. Допускалось проведение не более 6 циклов ХТ при отсутствии прогрессирования или неприемлемых проявлений токсичности. Медиана наблюдения 36,2±12,1 мес.  Результаты. Полный ответ зарегистрирован у 2 (8%), частичный — у 11 (44%), стабилизация — у 10 (40%), прогрессирование — у 2 (8%) из 25 больных. Двенадцати- и 24-месячная общая выживаемость — 51,3 и 22,4%, медиана 13,4±3,5 (95% доверительный интервал — ДИ 6,6— 20,4) мес, беспрогрессивная — 26 и 13% соответственно, медиана 8,8±1 (95% ДИ 6,6—10,6) мес. Побочные эффекты оценены у 24 больных. Явления токсичности зарегистрированы во всех случаях: I—II степени — 16 (67%), III—IV степени — 8 (33%). Основной вид токсичности — гематологическая: нейтропения — 16 (67%) — I—II степени — 8 (33%), III—IV степени — 8 (33%), тромбоцитопения — 14 (58%) — I—II сте- пени — 10 (41,5%), III—IV степени — 4 (16,5%), анемия — 7 (29%) — I—II степени — 5 (21%), III—IV степени — 2 (8%). Осложнений гема- тологической токсичности не отмечено. Проявлениями негематологической токсичности являлись тошнота и рвота у 21 (88%) пациента (I— II степени — 67%, III степени — 21%), алопеция — у 11 (44%) больных. Все нежелательные явления, зарегистрированные при проведении ХТ, носили обратимый характер. Ни в одном наблюдении не потребовалось проведения трансфузии элементов крови, назначения антибиотикотерапии, колониестимулирующих факторов, а также госпитализации с целью купирования явлений токсичности. Выводы. Режим Цитогем® и цисплатин в 1-й линии терапии распространенного переходно-клеточного РМП продемонстрировал удовлетвори тельную эффективность при умеренной токсичности и может быть рекомендован к применению в клинической практике.

    An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics

    Get PDF
    For a decade, The Cancer Genome Atlas (TCGA) program collected clinicopathologic annotation data along with multi-platform molecular profiles of more than 11,000 human tumors across 33 different cancer types. TCGA clinical data contain key features representing the democratized nature of the data collection process. To ensure proper use of this large clinical dataset associated with genomic features, we developed a standardized dataset named the TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource (TCGA-CDR), which includes four major clinical outcome endpoints. In addition to detailing major challenges and statistical limitations encountered during the effort of integrating the acquired clinical data, we present a summary that includes endpoint usage recommendations for each cancer type. These TCGA-CDR findings appear to be consistent with cancer genomics studies independent of the TCGA effort and provide opportunities for investigating cancer biology using clinical correlates at an unprecedented scale. Analysis of clinicopathologic annotations for over 11,000 cancer patients in the TCGA program leads to the generation of TCGA Clinical Data Resource, which provides recommendations of clinical outcome endpoint usage for 33 cancer types

    Cистемное воспаление и иммунологическое микроокружение в прогнозе течения солидных опухолей

    Get PDF
    The purpose of the research. To study prognostic significance of indicators of systemic inflammation of peripheral blood and relative indicators: neutrophil‑lymphocytic and platelet‑lymphocytic ratio, the course of squamous cell carcinoma of the oral mucosa and gastric adenocarcinoma.Materials and methods. Prospective analysis of patients with squamous cell carcinoma of the oral mucosa and disseminated gastric adenocarcinoma was performed. Patients with verified diagnosis, without signs of inflammatory diseases in anamnesis, not receiving antibacterial and immunomodulatory therapy were selected. Overall survival and survival without progression were considered as the main estimated parameters.Results. The selection criteria were met by 32 patients with disseminated gastric adenocarcinoma and 60 patients with squamous cell carcinoma of the oral mucosa. The prognostic value of relative indicators is determined: overall survival of patients with gastric adenocarcinoma with a low value of the neutrophil‑lymphocytic index is significantly higher than that of the rest of the cohort of patients: 16 months vs. 8 and 7 months (95 % CI (confidence interval) from 12 to 23 months, p=0.0382). Overall survival of patients with low platelet‑lymphocytic index was also higher: 16 months vs. 8 months (95 % CI from 11 to 24 months, р=0,0026). Different relapse‑free survival was noted in the group of patients with squamous cell head and neck cancer: patients with low index value it is 7 months vs. 2 months (95 % CI from 5 to 9 months, p=0.0499).Conclusions. The results show the possibility of using immunological microenvironment of the tumor and indices, characterizing the systemic inflammation, for prognosis of gastric adenocarcinoma and squamous cell carcinoma of the oral mucosa.Цель исследования. изучить прогностическую значимость показателей системного воспаления периферической крови и относительных показателей: нейтрофильно-лимфоцитарное и тромбоцитарно-лимфоцитарное соотношение, на течение плоскоклеточного рака слизистой оболочки полости рта и аденокарциномы желудка.Материалы и методы. Произведен проспективный анализ больных плоскоклеточным раком слизистой оболочки полости рта и диссеминированной аденокарциномой желудка. Были отобраны пациенты с верифицированным диагнозом, без признаков воспалительных заболеваний в анамнезе, не получающие антибактериальную и иммуномодулирующую терапию. В качестве основных оцениваемых параметров рассматривали общую выживаемость и выживаемость без прогрессирования.Результаты. Критериям отбора соответствовали 32 больных диссеминированной аденокарциномой желудка и 60 больных плоскоклеточным раком слизистой оболочки полости рта. Определена прогностическая ценность относительных показателей: общая выживаемость пациентов с аденокарциномой желудка с низким значением нейтрофильно-лимфоцитарного индекса достоверно выше, чем у остальной когорты пациентов: 16 месяцев против 8 и 7 месяцев (95 % ДИ от 12 до 23 месяцев, р=0,0382). Общая выживаемость пациентов с низким уровнем тромбоцитарно-лимфоцитарным индексом также была выше: 16 месяцев против 8 месяцев (95% ДИ от 11 до 24 месяцев, р=0,0026). В группе больных плоскоклеточным раком головы и шеи достоверно отличалась безрецидивная выживаемость: у пациентов с низким значением показателя — 7 месяцев против 2 месяцев (95 % ДИ от 5 до 9 месяцев, р=0,0499).Выводы. Полученные результаты говорят о возможности использования показателей иммунологического микроокружения опухоли и индексов, характеризующих системное воспаление, для прогнозирования течения аденокарцином желудка и плоскоклеточного рака слизистой оболочки полости рта

    ОПЫТ ПРИМЕНЕНИЯ БЕВАЦИЗУМАБА ПРИ ЛЕЧЕНИИ МЕТАСТАТИЧЕСКОГО КОЛОРЕКТАЛЬНОГО РАКА В ДВУХ ЦЕНТРАХ МОСКВЫ И САНКТ-ПЕТЕРБУРГА

    Get PDF
    The aim of this study was to estimate efficacy of first line chemotherapy with bevacizumab in metastatic colorectal cancer patients and investigate the impact of different prognostic factors on treatment outcome.Methods.During 2004–2008 48 colorectal cancer patients were included (29 in Russian N.N. Blokhin Cancer Research Center, 19 in St. Petersburg), who had unresectable distant metastases. Primary tumor was resected in 93.8 % patients. 52.1 % had rectal cancer. 87.5 % had liver metastases, 43.8 % had more than 1 organ affected. 66.7 % received chemotherapy with bevacizumab 5 mg/kg biweekly, 33.3 % received bevacizumab 7,5 mg/kg every 3 weeks. 62.5 % patients had oxaliplatin-based regimens, 35.4 % – only fluorpyrimidines, 2.1 % – chemotherapy with irinotecan.Results.Median time of bevacizumab use was 7.8 months. 60.3 % had objective response, 87.4 % had stable diseases during more than 6 months. Median progression-free survival (PFS) was 11.5 months. Median overall survival (OS) was 24.1 months.Conclusions.Survival and efficacy results are comparable to international experience. Combination of fluorpyrimidines with bevacizumab had comparable efficacy to combined chemotherapy regimens with no impact on quality of life. Integration of bevacizumab in combined treatment regimens reduced the impact of negative prognostic factors on PFS and OS. Целью .исследования .было изучение эффективности первой линии терапии с включением бевацизумаба (Авастина) у пациентов c метастатическим колоректальным раком, а также изучение влияния факторов прогноза на эффективность лечения различными комбинациями с бевацизумабом (Авастином).Материалы и методы . В период с 2004 по 2008 г. было включено 48 больных (29 – в ФБГУ «РОНЦ им. Н.Н. Блохина» РАМН и 19 в Городском онкологическом диспансере Санкт-Петербурга), имевших неоперабельные метастазы рака толстой или прямой кишки. Первичная опухоль была удалена у 93,8 % больных. У 52,1 % пациентов первичная опухоль локализовалась в прямой кишке. У 87,5 % пациентов были метастазы в печень, у 43,8 % метастазами было поражено более одного органа. 66,7 % больных получили бевацизумаб (Авастин) 5 мг/кг каждые 2 нед, 33,3 % – 7,5 мг/кг каждые 3 нед. Режимы с включением оксалиплатина получили 62,5 % больных, только фторпиримидины – 35,4 % пациентов, иринотекан – 2,1 %.Результаты .Медиана длительности применения бевацизумаба (Авастина) составила 7,8 мес. Объективный ответ (ОО) (полная регрессия + частичная регрессия) составил 60,3 %, контроль болезни (ОО + стабилизация более 6 мес) – 87,4 %. Медиана выживаемости без прогрессирования (ВБП) – 11,5 мес. Медиана общей выживаемости – 24,1 мес.Выводы . Достигнутые показатели эффективности и выживаемости сравнимы с таковыми, полученными в крупных международных исследованиях. Комбинация бевацизумаба с фторпиримидинами продемонстрировала сопоставимую с режимами комбинированной химиотера-пии эффективность и выживаемость, без ущерба для качества жизни. Включение бевацизумаба в лечебный режим уменьшало влияние факторов негативного прогноза на медиану ВБП и общую выживаемость

    Pan-Cancer Analysis of lncRNA Regulation Supports Their Targeting of Cancer Genes in Each Tumor Context

    Get PDF
    Long noncoding RNAs (lncRNAs) are commonly dys-regulated in tumors, but only a handful are known toplay pathophysiological roles in cancer. We inferredlncRNAs that dysregulate cancer pathways, onco-genes, and tumor suppressors (cancer genes) bymodeling their effects on the activity of transcriptionfactors, RNA-binding proteins, and microRNAs in5,185 TCGA tumors and 1,019 ENCODE assays.Our predictions included hundreds of candidateonco- and tumor-suppressor lncRNAs (cancerlncRNAs) whose somatic alterations account for thedysregulation of dozens of cancer genes and path-ways in each of 14 tumor contexts. To demonstrateproof of concept, we showed that perturbations tar-geting OIP5-AS1 (an inferred tumor suppressor) andTUG1 and WT1-AS (inferred onco-lncRNAs) dysre-gulated cancer genes and altered proliferation ofbreast and gynecologic cancer cells. Our analysis in-dicates that, although most lncRNAs are dysregu-lated in a tumor-specific manner, some, includingOIP5-AS1, TUG1, NEAT1, MEG3, and TSIX, synergis-tically dysregulate cancer pathways in multiple tumorcontexts
    corecore